Biopsija prostate vrlo je sigurna procedura i ozbiljne komplikacije su vrlo rijetke (<1%).
Uobičajene komplikacije su:
Manja krvarenja u urinu, stolici, i/ili sjemenoj tekućini očekuju se do 20 dana nakon biopsije, ne zahtijevajući dodatnu terapiju jer spontano prestaju. Veća krvarenja su rijetka. Ukoliko nastupi veće krvarenje, može biti potrebna intervencija (kauterizacija putem rektosigmoidoskopije). Infekcije su rijetke i obično nastaju nekoliko dana nakon biopsije. Znači, infekcije uključuju bol u donjem abdomenu, groznicu i osjećaj hladnoće.
Da bi se prevenirala infekcija, veoma je važna primjena antibiotika.